auto4-prepI-Autodock 分子对接 [1] - 准备蛋白小分子3D结构pdbqt文件

热门回复：

• Bbppbb63:up博主你好，我在准备受体pdbbq文件时，在PYMOL删除了水分子，移除小分子配体，删掉对称链中的一条，然后在Autodock中加H,在最后一步Grid-Macromolecule-Choose之后跳出两个窗口，点击确定之后跳到保存的步骤，然后每次都跳出一个警告窗口：These atoms have zero charge :CA CA CA CA CA CA CA CA CA 请问这是哪里出错了吗
• CCaarrTTman:师姐好~看了师姐前面的视频真的受益匪浅！ 还想请教几个问题： 加氢是因为PDB文件通常不含氢，但是氢却对分子对接的影响很大是吗？ 去水是因为PDB文件通常含水，但水一般不会对分子对接产生影响是吗？ 为什么要修复缺失的残基侧链原子？是因为PDB文件可能存在残基侧链原子缺失，而这种缺失会影响分子对接吗？ 为什么要去溶剂分子？难道PDB文件中会带有溶剂分子吗？怎么识别出哪些是溶剂分子呢？ 同源二聚体为什么只保留一条链呢？有没有可能蛋白的结合位点是两条链构成的？
• 咋啦啦咔咔咔啦啦:在up下面补充一下失败经验[委屈]。我的小分子是自己在chemdraw里画的，然后用chem 3D保存为mol2，再在pymol中打开另存为pdb，导入autodock中设置为配体导出pdbqt文件，结果我的小分子pdbqt文件与pdb文件出现了对不上的bug，捣弄了一晚上，最后还是选择在网站上下载mol文件，用open babel直接转为pdbqt文件就正常了[大哭][大哭]。
• 马上离开啊:你好，想请教一个问题。 Auto dock tools Grid Marumolecule choose select molecule 就报错list index out if range. 请问这个是哪里有问题，要怎么解决呢[爱心][爱心][爱心]
• CHAMPIONcw:小姐姐，为什么我在ADT准备蛋白加氢后，然后保存时，总是提示我没有电荷，后面对接的时候不成功，也是提示没有电荷，那怎么手动加电荷，还是要进行什么操作，感觉它不能自动加电荷