分子对接part2-蛋白与小分子3D结构前处理-分子对接part2-蛋白与小分子3D结构前处理

热门回复：

• ff不想学生物啦:课代表来了！[妙啊] 分子对接part2-蛋白与小分子3D结构前处理 1. 蛋白质的小分子的下载 1） 蛋白质的导入：浏览器搜索框输入pdb，打开pdb网站，搜索所需蛋白，点击Download Files-----PDB Format,下载到up主之前说的D盘的文件夹 2） 小分子的导入：网址：http://zinc.docking.org/，搜索所需结构，找到Available 3D Representations----Download------Mol2，下载到D盘文件夹 2. 蛋白质和小分子的导入及处理 1） autodock的打开：在D盘中点击：abt.bat打开 2） 蛋白质的导入及处理： a.File---Read Molecule，打开下载的后缀名为pdb的蛋白文件 b.打开后先加氢：Edit---Hydrogens—add，一直点击yes/ok c.然后计算电荷：Edit---Charges—Compute Gaseigter，点击确定； d.然后添加蛋白类型：Edit—Atoms—Assign AD4 type，点击后不出现对话框， e.最后导出：File---Save—Write PDBQT，点击ok 3）小分子的导入及处理 a.可先删除蛋白质，Edit---Delete---Delete Molecule，在弹出的对话框中选中蛋白质，点击Delete Molecule b. Ligand---Input—Open，将文件名搜索框右侧文件格式改为MOL2 Files，打开小分子，弹出对话框点确定 c. 调整电荷：Edit---Charges—Check totals on Residues，弹出对话框点击Dismis上方的Spread Charge……，再点击Dismiss d.按断配体的root：Ligand—Torsion Tree—Choose Torsion，绿色的表示可以旋转，然后点击Done e.输出：点击Ligand—Output---Save as PDBQT
• 淡的亽生:我看不见鼠标啊[大哭]
• 生化环材:2020/1/17,四个人与我一起学习这个视[喜极而泣]频
• Oliver-LL:分子对接 Part 1-Autodock 安装:av68787880 part2-蛋白与小分子3D结构前处理:av68790321 part3-蛋白与小分子对接分子对接:av68792207 part4-对接结果图像处理(PyMOL):av68809663
• Oliver-LL:如果小分子对接遇到问题的话，可以选这种方法，av71001241