0.1 基因组计划缘起-【复旦大学】基因组学

热门回复：

• 宝贝儿子他爹:我的mega做基因比照就带不动 计算机性能真的很重要(//∇//)几十个KB的基因组就要好久好久才能出来结果
• 额没话说:如果是短片段序列，不是非编码区与编码区的混合（比如简单的16S，或者cytb序列），可以用mega，特点就是快，一般用NJ法就能很好的反应拓扑结构了。如果是复杂的、长片段基因，需要对基因进行分区，并选择合适的碱基替换模型，简易先用partitionfinder，然后使用raxml构树（此软件主要针对ML树），这个目前发文章国际是比较认可的。一般电脑算Kb级序列的ML树，程序得跑几天吧，所以建议在集成生信平台CIPRES上远程运算。如果除了拓扑结构，还需要算分歧时间/最近共同祖先，那么推荐BEAST系列软件了，这个有比较多的参数需要自己设置。 美化软件，目前用的最多的就是figtree。mega有自带的简易美化，raxml树和beast树则只能在figtree里面编辑。其实发育树都是矢量图，编辑好拓扑结构、自展率后，导入coreldraw或者AI也能处理的。
• 千裡不留行:我可以说我学的生物信息学全忘了嘛
• Henky君:需要可私信
• 一团儿空气:太硬核了。先收藏了（